La región en la que se emplaza Girardot era habitada antes de la conquista por los indios Panches, de la familia Caribe, quienes desarrollaron sus actividades en torno a los rios Magdalena, Bogotá y Sumapáz.El 10 de febrero de 1844, los señores José Bueno y Ramón Triana, propietarios de los terrenos entre la margen opuesta al paso de Flandes, y a la desembocadura del Río, decidieron ceder suficiente tierra para erigir una parroquia. Al otro lado del Río, en Flandes ya existía un caserío. Tres años después, el 9 de octubre de 1852, según la ordenanza 20 de la Asamblea Legislativa de la Provincia del Tequendama, se constituyó como "Distrito Parroquial" con el nombre de Girardot, en honor al héroe de la Bárbula. Su nombre se debe a Manuel Atanasio Girardot, quien rindió heroicamente su vida en la memoria de la batalla del Bárbula del 30 de septiembre de 1813.Su conformación urbana se desarrolló a partir de una plaza llamada "La Constitución", ubicada frente a la actual plaza de mercado; hoy llamada Parque Santander, era el lugar donde desarrollaban actos cívicos, religiosos y culturales de diversa índole.Sólo hasta el 27 de mayo de 1881, fecha en la cual el presidente de la Unión, el Doctor Rafael Nuñez, ordenó la construcción de la línea férrea de Girardot a Facatativá, la ciudad empezó a desarrollarse aceleradamente y colaboró para que a finales del siglo pasado floreciera como el puerto más importante, junto con Honda, sobre el río Magdalena; en ese entonces era la principal arteria fluvial del país. Muchos aspectos determinaron su desarrollo casi todos con la influencia poderosa del Río Magdalena convirtiéndose en el principal puerto fluvial junto con Honda, al instalarse allí importantes empresas del transporte y bodegas de almacenamiento especialmente de café y tabaco que salía a BarranquilIa para exportación.
En la época fructífera de la economía llegan los primeros establecimientos bancarios como Banco Cafetero, Banco Colombia, Caja Agraria, entre otros. Que se destacan por su estilo republicano. Se erigen además edificios de gran importancia arquitectónica como el Matadero y el Pabellón de Carnes y la Plaza de Mercado.A finales del siglo XIX y del siglo XX la bonanza de la siembra del café otorga la categoría de enclave de comercialización, se construyeron las trilladoras Magdalena, Hard y Rand (Compañía de filiales en Nueva Orleans, Río de Janeiro, Londres, etc.) y Grace.
Era tan importante su ubicación geográfica que fue cuna de la navegación aérea comercial al recibir el 19 de octubre de 1920 el vuelo inaugural desde Barranquilla del hidroplano Junker "Colombia" de la Sociedad Colombo Alemana de Transporte Aéreo "Scadta" hoy conocido como Avianca, la aerolínea de Colombia.En 1927, la casa inglesa W.G. Armstrom Whitworth & Company Ltda inicia la construcción del puente férreo que conectó el norte con el sur del país con los ferrocarriles del Tolima, Valle y Huila.Esta majestuosa obra de ingeniería fue inaugurada en 1930 y su actividad generó que sobre la línea férrea se consolida una gran zona de vivienda y comercio. Se destaca la conformación del famoso Camellón del Comercio y la Plaza de la Estación.
Gracias a los bajos costos del servicio de transporte terrestre y la consolidación de más vías para el país, traen el ocaso al tren y todas sus actividades conexas. Al ver que Girardot poseía una estructura adecuada para ser turística, en los años 60' s se construye un complejo turístico a la altura de cualquier sitio turístico del mundo "El Peñón", cuyo nombre se le da gracias al señor Luis AIberto Duque Peña quien genera un nuevo polo de la ciudad trayendo progreso y desarrollo
